Curriculum vitae

INFORMAZIONI PERSONALI

  • Residenza: Vicenza
  • Nato nel 1978
  • Cittadinanza: italiana

ISTRUZIONE

  • 2007: Dottorato di Ricerca in Bioingegneria presso il Dipartimento di Ingegneria dell’Informazione dell’Università di Padova
  • 2003 (Anno Accademico 2001/2002): Laurea in Ingegneria Elettronica V.O. (orientamento: Biomedica), Università di Padova
  • 1996: Diploma di maturità classica, Liceo classico statale “Pigafetta”, Vicenza
  • 2002: diploma di Composizione, Conservatorio “Pedrollo”, Vicenza
  • 1999: diploma di Pianoforte, Conservatorio “Pedrollo”, Vicenza

CONOSCENZE LINGUISTICHE ED INFORMATICHE

  • Ottimo inglese parlato e scritto
  • Sistemi operativi: Linux, Mac OS X, Windows
  • Linguaggi di programmazione: Python, PHP, Perl, C
  • Meta-linguaggi: R, Octave, Matlab© (con Simulink), HTML, SQL
  • Software: LaTeX, OpenOffice, GIMP, Inkscape, LilyPond, Microsoft© Office, Finale
  • Buona conoscenza di web design e sviluppo di siti web

ATTIVITÀ DI RICERCA

  • Next-Generation Sequencing (NGS)
  • Genomica funzionale e genetica di popolazione (in particolare studi di associazione genome-wide)
  • Single Nucleotide Polymorphisms (SNP), Copy Number Variation (CNV)
  • Metodi di pre-processing ed analisi di dati di spettrometria di massa
  • Problemi di deconvoluzione
  • Tecniche di regolarizzazione non parametrica lineari e non lineari
  • Modellistica di sistemi fisiologici ed identificazione di sistemi dinamici (in particolare endocrino-metabolici)

ESPERIENZE

  • 2007—oggi: ricercatore presso FBK-Irst, Trento
  • 2007: affidamento di incarico da parte del gruppo di Bioingegneria dell’Università di Padova finalizzato allo sviluppo di “Metodi di deconvoluzione stocastica per la stima della produzione epatica di glucosio durante test orali”
  • 2005—2006: attività didattica nell’ambito dei corsi di laurea e laurea specialistica in Bioingegneria dell’Università di Padova
  • 2004—2006: Dottorato di Ricerca in Bioingegneria presso l’Università di Padova
  • 2003: collaborazione post-lauream con il gruppo di Bioingegneria dell’Università di Padova

WORKSHOP, SEMINARI, TALK

  • Chierici M. Musica, armonia e forme. 1/7/2009, FBK WebValley Summer Camp, Luserna (TN), Italy.
  • Furlanello C, Chierici M. Replicability in High-throughput Functional Genomics: Pipelines & DAPs. 19/5/2009, Università di Padova, dipartimento di ingegneria dell’informazione, Padova, Italy.
  • Chierici M. Challenges in High-throughput Biological Data Analysis. 2/2/2009, FBK retreat, Trento, Italy.
  • Chierici M. Selecting predictive biomarkers on high-throughput molecular data. 12/12/2008, Rosetta Biosoftware, Seattle, WA, USA.
  • Chierici M. Machine learning methods for predictive proteomics: an R tutorial. Luglio 2008, 3S Biology Summer School, Trento, Italy.
  • Chierici M. Estimation of hepatic glucose production by deconvolution: problems, methods, and case studies. Ottobre 2007, FBK-Irst, Trento, Italy.
  • Chierici M. Postprandial Endogenous Glucose Production from a Single Tracer Labeled Meal: Validation against a Triple Tracer Protocol. Giugno 2007, 67th Scientific Sessions of American Diabetes Association, Chicago, IL, USA.

INTERESSI

  • Musica, fotografia, sport (nuoto, bicicletta), auto e motori, lettura, mondo Open Source, informatica (software e hardware)

PUBBLICAZIONI

Abstract e articoli su riviste internazionali

  • Chierici M, Miclaus K, Vega S, Furlanello C. An interactive effect of batch size and composition contributes to discordant results in GWAS with the CHIAMO genotyping algorithm. Pharmacogenomics J. 2010; 10(4): 355—363
  • Miclaus K, Chierici M, Lambert C, Zhang L, Vega S, Hong H, Yin S, Furlanello C, Wolfinger R, Goodsaid F. Variability in GWAS Analysis: the Impact of Genotype Calling Algorithm Inconsistencies.Pharmacogenomics J. 2010; 10(4): 324—335
  • Zhang L, Yin S, Miclaus K, Chierici M, Vega S, Lambert C, Hong H, Wolfinger R, Furlanello C, Goodsaid F. Assessment of Variability in GWAS with CRLMM Genotyping Algorithm on WTCCC Coronary Artery Disease. Pharmacogenomics J. 2010; 10(4): 347—354
  • Miclaus K, Wolfinger R, Vega S, Chierici M, Furlanello C, Lambert C, Hong H, Zhang L, Yin S, Goodsaid F. Batch Effects in the BRLMM Genotype Calling Algorithm Influence GWAS Results for the Affymetrix 500K Array. Pharmacogenomics J. 2010; 10(4): 336—346
  • Hong H, Shi L, Su Z, Ge W, Jones WD, Czika W, Miclaus K, Lambert CG, Vega SC, Zhang J, Ning B, Liu J, Green B, Xu L, Fang H, Perkins R, Lin SM, Jafari N, Park K, Ahn T, Chierici M, Furlanello C, Zhang L, Wolfinger RD, Goodsaid F, Tong W. Assessing sources of inconsistencies in genotypes and their effects on genome-wide association studies with HapMap samples. Pharmacogenomics J. 2010; 10(4): 364—364
  • Chierici M, Roncador M, Paoli S, Jurman G, Furlanello C. Comparing UHTS pipelines for SNP discovery from RNA-Seq data. MGED12 2009, Phoenix, US.
  • Miclaus K, Chierici M, Hong H, Furlanello C, Vega S, Lambert C, Wolfinger R, Zhang L, Yin S, Pacanowski M, Goodsaid F. Evaluating the effects of batch composition and size on BRLMM and CHIAMO genotype calls for the Affymetrix 500K Array. 59th American Society of Human Genetics conference, Honolulu, 2009.
  • Miclaus K, Chierici M, Hong H, Furlanello C, Vega S, Lambert C, Wolfinger R, Zhang L, Yin S, Pacanowski M, Goodsaid F. Sources of variability in the analysis of GWAS data. Cold Spring Harbor laboratory / Wellcome Trust conference on Pharmacogenomics & personalized medicine, 2009, Hinxton, UK.
  • Pillonetto G, De Nicolao G, Chierici M, Cobelli C. Fast algorithms for nonparametric population modeling of large data sets. Automatica 2009; 45(1): 173—179.
  • Barla A, Jurman G, Riccadonna S, Merler S, Chierici M, Furlanello C. Machine learning methods for predictive proteomics. Briefings in Bioinformatics 2008; 9(2): 119—128.
  • Cogo PE, Simonato M, Toffolo GM, Stefanutti G, Chierici M, Cobelli C, Ori C, Carnielli VP. Dexamethasone therapy in preterm infants developing bronchopulmonary dysplasia: effect on pulmonary sorfactant disaturated-phosphatidylcholine kinetics. Pediatric Research 2008; 63(4): 433—437.
  • Chierici M, Toffolo G, Basu R, Rizza R, Cobelli C. Postprandial Endogenous Glucose Production from a Single Tracer Labeled Meal: Validation against a Triple Tracer Protocol. Diabetes 2007; 56(Suppl 1): 155-OR.
  • De Nicolao G, Pillonetto G, Chierici M, Cobelli C. Efficient Nonparametric Population Modeling for Large Data Sets. 2007 American Control Conference.
  • Cogo PE, Simonato M, Toffolo GM, Stefanutti G, Chierici M, Cobelli C, Ori C, Carnielli VP. Dexamethasone Therapy in Preterm Infants with Developing Bronchopulmonary Dysplasia: Effect on Pulmonary Surfactant Disaturated Phosphatidylcholine Kinetics. Neonatology 2007; 91(4): 327—328.
  • Cogo P, Toffolo G, Ori C, Vianello A, Chierici M, Gucciardi A, Cobelli C, Baritussio A, Carnielli V. Surfactant Disaturated-phosphatidylcholine Kinetics in Acute Respiratory Distress Syndrome by Stable Isotopes and a two Compartment Model. Respiratory Research 2007; 8:13.
  • Chierici M, Pillonetto G, Toffolo G, Cobelli C. Glucose Production by Deconvolution in Intravenous and Oral Glucose Tolerance Tests: Role of Output Variable. Conf Proc IEEE Eng Med Biol Soc 2006; 1: 5045—5048.
  • Cogo PE, Toffolo G, Ori C, Vianello A, Chierici M, Gucciardi A, Cobelli C, Baritussio A, Carnielli V. Surfactant Disaturated Phosphatidylcholine Kinetics in Human Adults with Acute Respiratory Distress Syndrome using Stable Isotopes. Biology of the neonate 2006; 89: 344.
  • Chierici M, Toffolo G, Basu R, Rizza RA, Cobelli C. Effects of Age and Gender on Glucose Production during Intravenous Glucose Tolerance Test. Diabetologia 2005; 48(Suppl 1): A226

Tesi di dottorato

  • Chierici M, “Estimation of hepatic glucose production by deconvolution: a novel method assessed on simulated and IVGTT & Meal data”. Coordinatore: Prof. Claudio Cobelli. Relatore: Prof. G. Toffolo. Controrelatore: Prof. G. De Nicolao.

Tesi di laurea

  • Chierici M, “Metodi di deconvoluzione per la stima della produzione epatica di glucosio”, Università degli studi di Padova, A.A. 2001-2002; relatore: Prof. G. Toffolo